《倚天劍與屠龍刀2》的游戲中分為五大門派,分別是武當、明教、唐門、少林和峨嵋,真實再現了武俠世界的門派,其武功各不相同,修煉的方法也不相同,彼此之間存在相互克制的作用。不僅如此,由于各門派間的武功、裝備上的差異,決定了門派間PK的多樣性。玩家們盡可以發揮想象,自由組合出最好的戰斗小組進行PK與幫戰。
武當
掌門:張真人
收徒條件:10級以上未拜入門派玩家。
門派特色:招式以打內為主。
專用武器:劍

武學風格:比起其他四個門派更注重內功的修行。其招式也最偏重傷害敵人的內力。武當弟子渾厚的內力可以使本來就追求以靜制動的招式顯得更加難以捉摸。
門派描述:道家的最早起源可追溯到老莊,道教以“道”名教,或言老莊學說,或言內外修煉,或言符箓方術,其教義就是以“道”或“道德”為核心,認為天地萬物都有“道”而派生,即所謂“一生二,二生三,三生萬物”,社會人生都應法"道"而行,最后回歸自然。
全真始祖重陽真人依法于元正隆己卯年在南時村打了一洞住下,名之為活死人墓,自悟禪機,參透天玄,后鑿煙霞洞于昆侖閉關,創〈純陽神功〉〈全真劍法〉并觀北斗天象得天罡北斗陣,華山論劍重陽真人以純陽神功力克其他四位武學名家洪七公、黃藥師、歐陽鋒及大理一燈法師而獲天下武功第一的美譽。到宋代武當張三豐參悟道德經,領悟陰陽動靜之機,造化玄微之理,統無極,生太極,修成太極拳、太極劍、兩儀劍法等絕世神功,道家武學達到顛峰,與少林絕技齊名。
唐門
掌門:唐老先生
收徒條件:10級以上未拜入門派玩家。
門派特色:招式以群攻為主,攻擊力較均衡。
專用武器:暗器

武學風格:暗器攻擊,內外兼傷,且都能夠造成可觀的傷害。但由于不擅使用近戰格斗的兵器,往往容易在肉搏時吃虧。幸好唐門弟子注重身法的訓練,靈巧的躲避攻擊在他們看來是最好的選擇。
門派描述:唐門世代居住于巴屬白帝城唐家堡唐門,并不是一個武功的門派,也不是一個秘密幫會,而是一個家族。這個家族雄踞川中兩百多年,以暗器為主。唐門門派規矩森嚴,其弟子極少在江湖中走動,但是有闖出名聲的均是武藝高強之輩。
唐門雖說地處西北偏安之偶,但武林各個門派均無法小瞧唐門。唐門擅長使用毒藥和暗器,據說有七種,江湖常見的卻只有毒針、毒蒺藜等,已令江湖中人聞風而喪膽,因為無論任何人中了他們的任何一種暗器,都只有等死。唐門輕功妙絕天下,唐門的毒更是傲視武林!
明教
掌門:掌教
收徒條件:10級以上未拜入門派玩家。
門派特色:招式受氣勢影響比較大。
專用武器:刀

武學風格:明教追求在肉體上給敵人以重創,為極端的外攻型打法。為達到殺敵制勝的目的,明教弟子不惜使出各種對自身也有傷害的招數,明教武學的精髓在于“以攻擊代替防御”,因此招招狠辣,讓敵人毫無喘息之機。不過如果內力不繼而使得攻勢中斷的話,所受到的傷害也是難以預料的。
門派描述:明教由西域流傳而入,不過卻在中土地區發揚光大,實乃中原人杰地靈,武道昌盛之故。明教教義之根本為"二宗三際論"。認為天地分為光暗二宗,光暗截然分明之時,就是初際。暗魔入侵明界,光與暗交相混雜,便有了天地三界以及人身禽獸等萬物,此為中際,明尊、法王、明使通過種種努力,將光明分子,收集到一起,重新升入明界,黑暗沉入深淵,光暗重新分開,這時就是末際。中土明教在教主陽頂天帶領之下,于光明頂開壇傳教,適時教規嚴明,教務肅然。成為中土一大門派,并隱隱有與少林,武當分庭抗禮之勢。
不過所謂物極必反,明教發展過快,免不得一些宵小之悲混雜其中,再加上中原之人對明教教義不解,于是將那明教喚之"魔教"。其實明教教義與那佛儒道頗有相互印證之處,都是以一種兼懷天下之心襄助世人,可惜中原之人自謂"天朝上國"對外來之教,不免有些敵視。不過明教之人依然志不為所奪,仍以拯救蒼生之愿行走江湖,維護正義。
峨嵋
掌門:掌門師太
收徒條件:10級以上未拜入門派的女性玩家。
門派特色:招式以遠攻打內為主
專用武器:琴

武學風格:較之武當,對外功的修行稍加重視。但仍屬偏內攻的打法。峨嵋門下弟子多為女子,重視道德的修行,又兼有女子特有的魅力,因而其武學風格亦顯得緊湊、嬌小、靈活。獨特的點穴和擒拿鎖臂功夫往往能達到兵不血刃的效果。
門派描述:峨嵋山,位于川南,距三國蜀都成都三百里。山勢逶迤,青峰疊翠,風景秀逸,自東漢始有寺廟建于其上,初時奉行道教,唐宋時逐漸轉為佛教。傳南宋末年,襄陽大俠郭靖次女小東邪郭襄在江湖尋找楊過途經少室山,無意間習得"九陽真經",郭襄尋楊過20年未果,在四十歲那年,大徹大悟在峨嵋出家為尼,將九陽真經與父母所教融合自成一家,從而開創了峨嵋派。
少林
掌門:方丈大師
收徒條件:10級以上未拜入門派的男性玩家。
門派特色:雙手武器,招式以外力攻擊為主。
專用武器:長兵

武學風格:少林硬氣功天下聞名,攻擊風格是偏外。少林弟子攻守兼備,少林絕技金剛不壞體就是刀槍不入的神功。少林武學歷來被認為是中華武學之尊,講究禪武合一,禪為武之主,武為禪之用。即武是禪的表現,是禪生命的有型化;禪是武的精神本質。以禪入武,便可達到武術的最高境界:武學大道,也就是禪道。其博大精深的程度遠超外行人的想象,而真能練就至高境界之人,也必然是在禪經的修行上也令人高山仰止的得道高僧。
門派描述:釋尊于公元前五六五年出生在古印度北部的迦毗羅衛國,釋尊生性慈悲,好修行。后釋尊在菩提伽耶的菩提樹下,在本尊大日如來的殊勝導引下,于陰歷月初八黎明,抬頭見啟明星而大徹大悟,說道:"一切眾生皆具如來智慧德相,唯以妄想執著不能證得。"釋尊終于成就了菩提正果,佛號釋迦牟尼始建佛教。
公歷紀元前后,佛教開始由印度傳人中國,漢明皇帝遣使寫佛經四十二章,藏在蘭臺石室第十四間,時于洛陽城西雍門外起佛寺--白馬寺。佛教至隋唐時期,達到高峰。主要宗派:天臺宗、三論宗、法相宗、律宗、凈土宗、禪宗、華嚴宗、密宗。東漢至南北朝時禪學成為相當重要的流派。相傳菩提達摩于六朝齊、梁間從印度渡海東來,入少林寺安心壁觀,領悟佛義同時創出了流傳芳年的少林武學,并以"二入四行"禪法教導弟子慧可等、并授以達摩十三劍、《無量義經》《易筋經》等,后經慧可等幾代高僧精研補充,傳后世七十二絕技,從此少林寺獨尊武林。
佛家武學流派眾多,天竺、漢地佛教、藏傳佛教、上座部佛教皆有不同的武學修為,但都以強身健體保寺護法,修身養性為宗旨,博大精深卻無好勇斗狠之戾,多參自佛經教義,因而身藏佛家最上乘武學者無不為得道高僧,少林寺的悟嗔禪師、五臺山天龍大師、西藏的莫西邏、天竺大乘護法枯葉都是名震江湖的大家。